|
|
Karbonylové deriváty pyrazinu - stavební bloky dynamických kombinatoriálních systémů
Coufal, Radek ; Drahoňovský, Dušan (vedoucí práce) ; Jindřich, Jindřich (oponent)
Tato bakalářská práce pojednává o syntéze bifunkčních karbonylových derivátů pyrazinu, u nichž je dále zkoumán potenciál tvořit dynamické hemiacetaly s monofunkčními alkoholy. Nově připravené, v literatuře nepopsané bifunkční trifluormethyl deriváty, resp. jejich hydráty, jsou schopny tvořit poměrně vysoké procentuální zastoupení hemiacetalů v dynamickém systému. Ze získaných výsledků je zřejmé, že tyto látky mohou nalézt uplatnění např. jako stavební bloky dynamických kombinatoriálních systémů.
|
|
|
Creation and analysis of in-house database of pyrazine derivatives with potential antimicrobial activity
Kebakuile, Legae Gomolemo Boemo ; Zitko, Jan (vedoucí práce) ; Kučerová, Marta (oponent)
ABSTAKT V rané fázi návrhu a vývoje léčiv musí vědci překonat řadu výzev spojených s identifikací potenciálních sloučenin s drug-like nebo lead-like vlastnostmi. To vedlo k potřebě vytvoření velkých souborů chemických dat, které pomohou zlepšit identifikaci farmakoforů a účinných sloučenin. Různé vědecké obory, zejména farmakologie, farmaceutická chemie a biochemie, začaly využívat počítačové vědy k vyhledávání potenciálních vůdčích struktur (leads) s větší specifičností, pokud jde o jejich bioaktivitu. Hlavním cílem této práce bylo vytvoření databáze obsahující sbírku derivátů pyrazinu syntetizovaných v minulosti na Farmaceutické fakultě Univerzity Karlovy v Hradci Králové se zaměřením na sloučeniny s potenciální antimykobakteriální (a dále antibakteriální a antifungální) aktivitou, a dále využití této databáze k výpočtu hodnot deskriptorů důležitých pro farmakokinetické vlastnosti a biologickou dostupnost. Tento projekt se snaží ukázat, jak mohou být určité molekulární deskriptory použity jako spolehlivá informace k určení pravděpodobnosti nebo možnosti vývoje lead-like nebo drug-like sloučeniny pomocí počítačového softwaru. Byla vytvořena interní databáze 623 sloučenin uložených ve formátu SMILES, která byla použita k určení kvantitativních vztahů mezi strukturou a aktivitou (QSAR) a k analýze toho, zda...
|
|
|
Návrh, syntéza a biologické hodnocení 2,3-disubstituovaných pyrazinů
Kerda, Marek ; Zitko, Jan (vedoucí práce) ; Kučerová, Marta (oponent)
Univerzita Karlova, Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Vedoucí diplomové práce: doc. PharmDr. Jan Zitko, PhD. Řešitel: Marek Kerda Název diplomové práci: Návrh, syntéza a biologické hodnocení 2,3-disubstituovaných pyrazinů Tato práce se zabývá problematikou tuberkulózy. V teoretické části jsou shrnuty základní vědomosti a poznatky o onemocnění, současná epidemiologie a léčiva, která se při její léčbě využívají. Popsány jsou i látky, které jsou momentálně v různých fázích klinických testů a mohly by se v budoucnu na léčbu tuberkulózy používat. Vyhledané informace byly využity z dostupných učebních textů a v odborných publikacích na webech PubMed a Web of Science. Jsou zde také shrnuty základní metody počítačového designu nových léčiv. V rámci praktické části práce byla věnována pozornost objevu nového inhibitoru lidské prolyl- tRNA synthetasy, který je strukturně odvozený od antituberkulotika pyrazinamidu. Byla vytvořena in silico virtuální knihovna nových potenciálních ligandů odvozených od pyrazinamidu. Následný molekulární docking do struktur lidské prolyl-tRNA synthetasy (pdb: 5VAD), do bakteriální verze enzymu (pdb: 2J3M) a vyhodnocení proběhly v programu Molecular Operating Environment (Chemical Computing Group, Canada). Z výsledků byly předurčeny některé ze základních rysů struktury s...
|
|
|
Creation and analysis of in-house database of pyrazine derivatives with potential antimicrobial activity
Kebakuile, Legae Gomolemo Boemo ; Zitko, Jan (vedoucí práce) ; Kučerová, Marta (oponent)
ABSTAKT V rané fázi návrhu a vývoje léčiv musí vědci překonat řadu výzev spojených s identifikací potenciálních sloučenin s drug-like nebo lead-like vlastnostmi. To vedlo k potřebě vytvoření velkých souborů chemických dat, které pomohou zlepšit identifikaci farmakoforů a účinných sloučenin. Různé vědecké obory, zejména farmakologie, farmaceutická chemie a biochemie, začaly využívat počítačové vědy k vyhledávání potenciálních vůdčích struktur (leads) s větší specifičností, pokud jde o jejich bioaktivitu. Hlavním cílem této práce bylo vytvoření databáze obsahující sbírku derivátů pyrazinu syntetizovaných v minulosti na Farmaceutické fakultě Univerzity Karlovy v Hradci Králové se zaměřením na sloučeniny s potenciální antimykobakteriální (a dále antibakteriální a antifungální) aktivitou, a dále využití této databáze k výpočtu hodnot deskriptorů důležitých pro farmakokinetické vlastnosti a biologickou dostupnost. Tento projekt se snaží ukázat, jak mohou být určité molekulární deskriptory použity jako spolehlivá informace k určení pravděpodobnosti nebo možnosti vývoje lead-like nebo drug-like sloučeniny pomocí počítačového softwaru. Byla vytvořena interní databáze 623 sloučenin uložených ve formátu SMILES, která byla použita k určení kvantitativních vztahů mezi strukturou a aktivitou (QSAR) a k analýze toho, zda...
|
|
|
Synthesis and antiinfective evaluation of substituted N-(pyrazin-2-yl)benzenesulfonamides
Paredes De La Red, Cristina ; Doležal, Martin (vedoucí práce) ; Kučerová, Marta (oponent)
Univerzita Karlova Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra farmaceutické chemie a farmaceutické analýzy Řešitel: Cristina Paredes de la Red Vedoucí diplomové práce: prof. PharmDr. Martin Doležal, Ph.D. Název diplomové práce: Syntéza a antiinfekční hodnocení substituovaných N-(pyrazin- 2-yl)benzensulfonamidů Tuberkulóza (TBC) patří celosvětově mezi deset nejčastějších příčin úmrtí, zejména v rozvojových zemích. I když se jedná o dlouho známé onemocnění se zavedeným léčebným režimem, vyskytuje se v poslední době zvýšená rezistence na léčiva proti TBC. Díky novým poznatkům a teoriím o jeho mechanismu účinku se antituberkulotikum první linie pyrazinamid opět dostává do popředí vědeckého zájmu a stává se perspektivní výchozí sloučeninou pro další vývoj. V této práci prezentujeme N-(pyrazin- 2-yl) benzensulfonamidy (obecná struktura je uveden na obrázku níže) jako nové hybridní molekuly spojující strukturu pyrazinamidu a sulfonamidu. Antibakteriální sulfonamidy účinkují mechanismem kompetitivní inhibice syntézy kyseliny listové s následnou inhibicí bakteriálního růstu a rozmnožování. Osobně jsem v rámci této práce přispěla k syntéze a čištění osmi finálních sloučenin v sérii celkem 22 N-pyrazinylsulfonamidů. Dvě z připravených sloučenin vykázaly aktivitu proti Mycobacterium kansasii [2a (MIC M....
|
|
|
Chemický aposematismus: reakce predátorů na chemické výstražné signály kořisti
Chalušová, Kateřina ; Exnerová, Alice (vedoucí práce) ; Kotyková Varadínová, Zuzana (oponent)
Aposematismus je typem obranného mechanismu, jakým kořist dává najevo predátorovi, že je nejedlá nebo toxická. Reakce predátorů na chemické výstražné signály kořisti se liší v závislosti na množství a kombinaci signálů vysílaných kořistí, na druhu predátora a jeho hlavním způsobu orientace. Většina studovaných prací testovala reakce ptáků na chuťové a olfaktorické stimuly, často v kombinaci se signály z dalších modalit. Ačkoliv jsou ptáci predátory orientujícími se hlavně vizuálně, čich, chuť a chemesteze jim významně pomáhají v určení nejedlé potravy. Mezi dalšími testovanými predátory byli ryby, obojživelníci, plazi, savci a bezobratlí živočichové, jejichž reakce na stejné chemické látky kořisti jsou pro srovnání uvedeny. V pracích týkajících se ptáků byly použity nejvíce denatonium benzoát (Bitrex), chinin a pyraziny. Predátoři často vykazovali averzivní chování, neofobické reakce, urychlení učení a zefektivnění zapamatování nejedlé kořisti, pokud jim byla prezentována spolu s chemickými signály. Někteří byli schopni regulovat příjem toxické potravy na základě již přijatého množství nebo diskriminovat mezi jedlou a nejedlou potravou podle koncentrace chemikálií v ní obsažené. Klíčová slova: Aposematismus, chemická obrana, chemické signály, učení predátora vyhýbat se nejedlé kořisti, paměť, chuť,...
|
|
|
Karbonylové deriváty pyrazinu - stavební bloky dynamických kombinatoriálních systémů
Coufal, Radek ; Drahoňovský, Dušan (vedoucí práce) ; Jindřich, Jindřich (oponent)
Tato bakalářská práce pojednává o syntéze bifunkčních karbonylových derivátů pyrazinu, u nichž je dále zkoumán potenciál tvořit dynamické hemiacetaly s monofunkčními alkoholy. Nově připravené, v literatuře nepopsané bifunkční trifluormethyl deriváty, resp. jejich hydráty, jsou schopny tvořit poměrně vysoké procentuální zastoupení hemiacetalů v dynamickém systému. Ze získaných výsledků je zřejmé, že tyto látky mohou nalézt uplatnění např. jako stavební bloky dynamických kombinatoriálních systémů.
|
host ::
RSS.